مرحله اول در چاپ فلکسو تهیه کلیشه است که به روش‌های مختلف صورت می‌گیرد، و همان‌طور که اشاره شد این کلیشه از نوعی پلاستیک حساس به نور ساخته می‌شود.

برای ساخت کلیشه ابتدا نگاتیو طرح تهیه می‌شود، سپس کلیشه خام را به مدت مشخص از دوطرف نوردهی می‌کنند. این کار باعث می‌شود محل‌هایی که در تماس نور فرابنفش قرار گرفته‌اند سفت شوند و بعد از شست‌وشو بخشی از کلیشه آماده شده روی سیلندر چسبانده شود.

بخش‌های ماشین چاپ فلکسو به ترتیب عبارت‌اند از:

• رول بازکن
• چاپ
• خشک کن
• رول جمع کن

در قسمت رول باز کن کاغذ یا مقوایی که قرار است فرآیند چاپ روی آن صورت بگیرد باز می‌شود و لفاف آن به سمت قسمت چاپ هدایت می‌شود.

در بخش چاپ مخزن تعبیه شده رنگ را به سمت سیلندر آنیلوکس منتقل می‌کند که دارای سوراخ‌های بسیار ریز است.

نهایتا این سیلندر رنگ را روی کلیشه می‌پاچد و کلیشه روی کاغذ قرار می‌گیرد.

بعد از چاپ لفاف به واحد خشک کن منتقل می‌شود، ابتدا تحت تاثیر هوای گرم (که با توجه به جنس و نوع چاپ دمای متفاوتی دارد) منتقل می‌شود و سپس در واحد خنک‌کننده دمای لفاف به حالت اصلی برمی‌گردد.

نهایتا در بخش رول جمع کن لفاف را به شیوه‌های مختلف جمع می‌کنند.

سیستم رنگ در این نوع چاپ CMYK می‌باشد که مشابه چاپ افست است و تراکم رنگ باید به دائما کنترل شود تا بیشتر از 290 درصد نباشد.

با پیشرفت صنایع چاپ امروزه استفاده از فرم‌های لاستیکی مرسوم شده که به چاپ فلکسوگرافی معروف است و با عنوان چاپ برجسته نیز از آن یاد می شود.

کیفیت بالا نسبت به سایر روش ها یکی از نقاط قوت چاپ فلکسو است. در دهه 1950 برای اولین بار از واژه فلکسوگرافی استفاده شد که اساس آن استفاده ازنوعی پلاستیک‌های حساس به نور بود.